جواد نکونام تابستان سال ۱۳۹۱ از فوتبال اروپا جدا شد و به استقلال پیوست تا در تیمی بازی کند که از بچگی آرزویش را داشت. نکونام اما اواسط آذر ماه آن سال در برنامه ۹۰ مدعی شد از حضور در استقلال خوشحال نیست و همین مسئله شایعات زیادی را در رابطه با جدایی‌اش از جمع آبی‌پوشان مطرح کرد.
علی فتح‌الله‌زاده مدیرعامل وقت باشگاه استقلال بلافاصله جلسه‌ای را با حضور نکونام و امیر قلعه‌نویی برگزار کرد و پس از پایان این نشست بود که جواد در گفت‌وگو با خبرورزشی اعلام کرد در استقلال می‌ماند. البته او از برخی اتفاقات و واردشدن به حریم خصوصی زندگی ورزشی‌اش ناراحت بود و مسئله را در این مصاحبه هم بیان کرد.
نکونام با تاکید بر این‌که در استقلال می‌ماند، در گفت‌وگویی که ۲۷ آذر ماه سال ۹۱ منتشر شد به خبرنگار ما گفت: من گفتم از بازی کردن در استقلال خوشحال نیستم اما هرگز حرفی از جدایی نزدم الان هم دارم می‌گویم در استقلال می‌مانم و دلم می‌خواهد با این تیم به رویاهایم جامه عمل بپوشانم. جدا از بحث قهرمانی در لیگ برتر، از بچگی دلم می‌خواست با استقلال قهرمان آسیا شوم و امیدوارم بتوانیم همراه با سایر نفرات چنین کار مهمی را انجام بدهیم. من دوست دارم با پیراهن استقلال از میادین خداحافظی کنم (البته نکونام در سال ۹۲ از استقلال جدا شد و نتوانست با پیراهن آبی از فوتبال خداحافظی کند).
رابطه جواد نکونام با مهدی رحمتی یکی دیگر از سوالاتی بود که ۱۱ سال قبل از سرمربی فعلی استقلال پرسیدیم و این مربی که اتفاقا سه‌شنبه همین هفته باید تیمش را به مصاف شاگردان رحمتی بفرستد با تکذیب هرگونه اختلاف گفت: مهدی از دوستان خوب من است و این شایعه که می‌گویند ما با هم اختلاف داریم اصلا صحت ندارد. ما دوستان قدیمی هستیم. نکونام همچنین از برخی مسائل و وارد شدن به حریم شخصی افراد در فوتبال ایران انتقاد کرد و ادامه داد: من در تمام دورانی که اروپا بازی می‌کردم نمی‌دانستم همبازیانم چقدر دستمزد می‌گیرند حتی دستمزد مسعود شجاعی که هموطن و همبازی خودم در تیم ملی بود را هم نمی‌دانستم اما اینجا یک عده دلشان می‌خواهد وارد مسائل شخصی تو شده و بدانند چقدر دستمزد می‌گیری درحالی‌که این مسائل کاملا شخصی است.
