حمید استیلی سرمربی اسبق پرسپولیس که از اوایل تابستان سال ۱۳۹۰ تا اواخر پاییز آن سال هدایت قرمزپوشان را برعهده داشت و نتوانست با نتایج خود رضایت هواداران را جلب کند، جزو اولین افرادی بود که از وجود کریم باقری در ترکیب کادر فنی پرسپولیس استفاده کرد و این اتفاق از اواسط پاییز سال ۹۰ به وقوع پیوست.
کریم باقری در ۴۰ روز پایانی سرمربی‌گری حمید استیلی به اعضای کادر فنی این تیم اضافه شد و البته خودش مدعی بود که فقط با تیم تمرین می‌کند ولی استیلی اصرار داشت که پیرامون ترکیب ثابت و مسائل تاکتیکی تیم قطعا با آقا کریم مشورت خواهد کرد.
نکته جالب توجه دیگر این‌که سرمربی وقت پرسپولیس در آن مقطع مدعی شده بود با توجه به حساسیت کار، حضور کریم باقری در تمرین موجب می‌شد بازیکنان این تیم مراقب رفتارشان باشند، با جدیت بیشتری دل به کار بدهند و در داخل زمین برخی شوخی‌های نامناسب انجام ندهند تا تمرکزشان بر هم نخورد. اتفاقا همین اتفاق هم رخ داد و از وقتی باقری به تمرین پرسپولیس رفت، بازیکنان حسابی دست و پای خودشان را جمع کردند و حرمت می‌گذاشتند تا مبادا حرفی بزنند و کاری کنند که مقابل پیشکسوت خودشان شرمنده شوند. این قاعده در دوره یحیی گل‌محمدی هم تا آخرین روز حضور کریم باقری کاملا در پرسپولیس رعایت می‌شد.
